کلیسای بیت لحم یکی از بزرگ‌‌ترین و باشکوه‌ترین کلیساهای جلفاست که در میدان جلفا واقع شده است. هزینه‌ی بنای ساختمان کلیسا را در سال ۱۶۲۸ میلادی، خواجه پطروس ولیجانی پرداخت کرده، و با تلاش معماران ارمنی در طول ۲۰ سال به اتمام رسیده و توسط خواجه پطروس با نقوش طلایی تزئین شده است. کلمات روی سرامیک آبی بالای در شرقی کلیسا گواه است.
تعمیر کلیسای بیت لحم در سال ۱۸۹۹ میلادی در زمان جاثلیق مگردیچ، رهبر دینی کل ارامنه، و در زمان خلافت اسقف ملاکی در جلفا و حکومت مظفرالدین شاه انجام شده و مخارج آن توسط ارامنه ساکن هند پرداخت شده است.
ساختمان کلیسا تقریبا به شکل مربع ساخته شده، گنبد دو طبقه این کلیسا در مرکز آن قرار دارد. هشت پنجره دارد که در فاصله بین آن‌ها عکس‌های مختلف نقاشی شده است. گنبد خارجی بر پایه‌های پنجره‌ها بنا شده و گنبد داخلی را می‌پوشاند.
داخل کلیسا به سه قسمت تقسیم می‌شود: قسمت اول، بالکنی با سقف چوبی‌ست که از در غربی تا ستون‌های مرکزی و اصلی کلیسا ادامه دارد و پله‌های جنوب غربی نیز به این بالکن و پشت بام کلیسا راه دارد. قسمت دوم، بخش مرکزی و اصلی ساختمان است که در آن چهار ستون قوسی، گنبد دو طبقه کلیسا را نگه می‌دارد. در محل تلاقی ستون‌ها، هشت فرشته طلایی با چهار بال، نقاشی شده. قسمت سوم کلیسا محراب، مذبح و دو اتاقک با سقف قوسی‌ست. دیوارها از کف تا ارتفاع ۱۶۰ سانتی‌متری کاشی کاری شده‌اند. بالای این دیوارها دو ردیف عکس مجزا از هم قرار دارند که عکس‌های ردیف پایین به هم متصل‌اند و عکس‌های ردیف بالایی با حاشیه‌های گل از هم جدا می‌شوند. قسمت بالا از سقف تا نوک گنبد، با عکس‌های مختلف و هم‌اندازه تزیین شده؛ از جمله تصویرها و نوشته‌های یادبود صنعتگران، نقاشان و غیره.
حیاط کلیسا با ۴۸۰ متر مساحت در طرف غرب قرار گرفته و دو درِ ورودی شمالی و جنوبی دارد. سنگی با طرح سه صلیب، در بالای در جنوبی نصب شده که روی آن نوشته شده: «این صلیب‌ها به یادبود هارتون (زائر اورشلیم) و خانواده‌اش گذاشته شده است». بالای در غربی به طرف حیاط، بالکنی با چهار ردیف طاق قوسی قرار دارد و برج ناقوس بر ستون‌های آجری که بر بام استوار هستند بنا شده.آرامگاه خواجه پطروس، پسر و نوه‌اش در قسمت غربی حیاط قرار دارد. علاوه بر این‌ها، بیش از ۷۰ سنگ قبر نیز در حیاط کلیسا دیده می‌شوند که متعلق به روحانیون، خواجه‌ها، تجار، صنعتگران و شهدا هستند و نوشته‌هایی نیز به رسم یادبود بر آن‌ها نقش بسته است.
