مسجد اولیه در دوره آل بویه و توسط صاحب بن عباد ساخته شده بود و به آن مسجد جامع جور جیر می گفتند.
بناهایی که از دوران آل بویه در اصفهان به جای مانده اند، بسیار کم است. سر در مسجد جورجیر یا مسجد جامع صغیر بوده که در زمان صفوی مسجد آل بویه تخریب شده و مسجد حکیم جای آن ساخته می شود. این مسجد به گفته مافروخی مناره ای با 100 ذراع ارتفاع داشته است. از کل مسجد تنها سردر آن باقی مانده است. آرایه های سردر بسیار زیبا و در نوع خود منحصر بفرد است
ما فروخی در وصف مسجد جوءجوء می نویسد: «آن مسجد را مناری بس بلند و متقن بوده و گمان می رود یا در فتنه مغول یا در قتل عام امیر تیمور ویران کرده باشند، یا قتل عام امیر جهانشاه ترکمان یا جنگ های داخلی مذهبی چون غالبا این گونه منارها در شهر و بیابان برای استفاده از خبر یافتن و خبر دادن دشمن و نتایج دیگر ساخته می شد.
شاردن در سفرنامه خود می نویسد: «حکیم داوود که طبیب شاه عباس دوم و شاه صفی بود در نتیجه دسایس اطرافیان مورد بی مهری شاه واقع شد و از پیش آمدهای بدتری ترسید…. و به هندوستان گریخت و در آن جا در اثر ملازمت اورنگ زیب و انجام خدماتی ملقب به تقرب خان به اندازه ای ترقی کرد که شخص بسیار معتبری شد. حکیم داوود به محض اینکه در هندوستان بر مسند عزت استقرار یافت، اموال زیادی برای خانواده اش به اصفهان فرستاد و دستور ساختن یک مسجد را داد و با نیتی که داشت این کار را آن قدر ادامه داد تا این مسجد عالی ساخته شد.»
گفته می شود روزی به قصد سرکشی از عملیات ساختمانی به محل مسجد آمد و با تیز هوشی تمام کارها را از مدنظر گذراند، ناگهان چشمش به خران گچ کش افتاد که آجر و گچ و دیگر مصالح ساختمانی را از کوره های آجر پزی به ساختمان مسجد حمل می کردند. کپل این حیوانات زخمی و خون آلود بود، علت را سوال کرد، گفتند خرکچیها برای حرکت سریع تر، خران را با سیخونک دنبال می کنند. حکیم از گفته آنان ناراحت شد و دستور تخریب قسمت های ساخته شده از مسجد را داد و گفت پایه های این مسجد با ظلم همراه است. بنا بر این روایت دستور داد در راه خران از محل کوره پز خانه تا مسجد، علف بریزند که خران با چرا آجر و گچ و مصالح ساختمانی را به مسجد حمل کنند و مسجد را از نو بنا کنند.
