مجموعه قصر كه پيش از اين 24 هكتار بود، مجموعه زيبايي كه در راس آن كاخ فتحعلي شاه قاجار خودنمايي ميكرد اما زماني كه ناصرالدينشاه روي كار آمد از اين مجموعه خوشش نيامد و بيشتر ترجيح ميداد در كاخ گلستان روزگار بگذراند.
اين رضاخان بود كه تصميم گرفت در تهران زنداني رسمي داشته باشد بهخاطر همين ماركوف معمار مشهور روسي را به ايران آورد تا طراحي زندان قصر را انجام دهد. زندان ماركوف داراي 192 اتاق و گنجايش 700 زنداني بود كه 96 اتاق آن پنج نفري و بقيه انفرادي بودند. مريضخانهاي هم مشتمل بر شش اتاق شش تخته و 16 اتاق يك تخته بههمراه باغ و حمام ساخته شده بود. يازدهم آذرماه سال ۱۳۰۸ زندان قصر شكل گرفت. اولين قرباني نيز خود سازنده بود(!) تيمسار درگاهي، رئيس وقت شهرباني كه به جرم دعوت رضاخان به يكي از ۱۹۲ سلول عمومي و انفرادي در جريان افتتاح زندان به حبس محكوم شد. قصر پس از آن نيز پذيراي نامداراني شد كه عبدالحسين تيمورتاش، نصرتالدوله و سردار اسعد بختياري از آن جمله بودند. بزرگعلوي سرگذشت سالهاي حبس خود و ديگر زندانيان مشهور را در كتاب «۵۳ نفر» در زندان قصر نوشت. پس از شهريور 20 و استعفاي رضاخان و تبعيد به جزيره موريس كاركردهاي قصر نيز نمايانتر شد.
شکل دایره زندان تنها به این منظور به این فرم طراحی شده که هر سه طبقه آن در اثر وجود این فضای خالی و بالکنهایی که با حفاظهای نردهای پوشیده شدند، در تابستان به شدت گرم باشد و در زمستان سرد. سرمایی که تا مغز استخوان زندانیان نفوذ میکرده. این حاصل طراحی و معماری است که تحت نظارت آلمانها و به دستور رضاخان در سال 1311 برای نگهداری زندانیان عادی به نام “توقیفخانه” ساخته و در سال 1316 به بهرهبرداری رسید. طراحی ساختمان به نحوی است که کاملا حفاظت شده و امکان فرار تقریبا صفر درصد است. این زندان تا سال 50 فقط برای نگهداری افراد عادی بوده و فقط برای مدتی در سال 42 زندانیان سیاسی در آن نگهداری شدند. اما در سال 57 با عنوان “کمیته مشترک ضد خرابکاری” برای نگهداری زندانیان سیاسی در نظر گرفته شد.
زندان قصر از بدو تأسيس تا سال 1357 (پيروزي انقلاب اسلامي) در طول نيم قرن، آيينهاي است در انعکاس تجدد در دوران پهلوي، از يک سو زندانيان عادي در اين زندان از حقوق مدني و تعريف شدهاي برخوردار شدند و از سوي ديگر در طول نيم قرن زندان قصر به مشهورترين زندان سياسي کشور تبديل شد.
زندان قصر در سالهای اخیر توسط شهرداری تهران به باغ موزه ای پند آموز تبدیل شده است که بازدیدکنندگان می توانند همه روزه از قسمت های مختلف آن دیدن نمایند .همچنین حضار میتوانند ازمحلهای نگهداری زندانیان سیاسی که حتی دیوارهایش همگی با مهر سکوت عمق فاجعه را به تصویر کشیده و بیننده را تحت تاثیر قرار میدهد، دیدن نمایند.